例えば、３択のステージセレクトから「科学要塞研究所」を最初に選んでみる。すると、攻めてくる敵を研究所内へ入れないように戦う展開になる。
　ところが、このステージを最後に選ぶと、すでに研究所は敵に占拠されてして、それを奪回するという展開になるのだ。
↑→機械獣の魔の手から研究所を守るべく、シローたちは科学研究所へ向かう。
↑布陣が整ったところへ、敵軍のお出ましだ！
「科学要塞研究所」を、最初に選んだとき
←↓他のステージを先にすべてクリアしてから向かうと、研究所はすでに暗黒大将軍の手に落ち、敵軍が迎え撃つ格好になる。
「科学要塞研究所」を、最後に選んだとき
「ムートロン研究所」へ「新宿」をクリアしてから行くと……
↑シーン２「日本」編では、この４ステージをセレクトできる。ここでは「ムートロン研究所」へ行く順番に、あるヒミツが。

←↑ダンガイオーの宿敵ギルが、敵の増援として登場！　違う順番でプレイすると、この対決は見ることができないのだ。

■フリーオーダーステージシステム■
　　本作のステージ構成は、１シーンの中にいくつかのステージがあり、そのステージすべてをクリアすると次のシーンへ進む、という流れになっている。そのステージのプレイ順を、自由に選択していくことができるのが、「フリーオーダーステージシステム」だ。
　例えば、いち早くゲッターロボを仲間にしたいなら、先に早乙女研究所へ向かったり、マジンガーＺを仲間にしたいなら、光子力研究所へ……というように、自分の好みでステージの攻略順を決めることができるのだ。
　さらに、この選ぶ順番によってステージイベントが変化したり、分岐や隠しユニットが入手できるといった要素もあり、より慎重なステージ選択が必要なのだ。