一年戦争の果てに、大きな打撃を受けた地球とコロニー。長き戦いに疲れた果てた人々は、完全平和主義と地球圏統一国家を受け入れ、ひとまず戦いは治まる。

　だがそこを見計らったかのように、地球内部から、地球の外から様々な侵略者達が現れた。

　完全平和主義に基づき、軍備の縮小、武器の廃棄を進めていた地球統一国家はそれに対抗する力がなかったが、各地で秘かに建造されていた様々なロボットの力により、異星人達との戦いに勝利し、和解に成功した。

　しかしこのことにより、完全平和主義は「自分を無力化し、ただやられるのを持つだけ」という批判を浴びる。そしてクーデターが勃発。地球圏統一国家は滅び、新地球連邦国家が樹立されることになる。

　しかしデキム・バートンを首相とする新地球連邦とコロニー間の確執は徐々に深まることとなり、ついにはシャア・アズナブルを総帥とするコロニー連合国家ネオ・ジオンを誕生させることになる。

　こうして、地球とコロニーの間に再び戦乱が始まった・・・。

　携帯ゲームというハードを活かしての新システムが搭載されているのもGBA『スーパーロボット大戦R』の特徴だ。

　そのひとつが「戦闘シーンカット」システム。すばやくゲームを進めたいプレイヤーのために、戦闘シーンのカットができるようになっているのだ。もちろんダメージなどの状況は数値により表示されるので、戦況を見失ってしまうことはない。



　 さらにプレイを便利にしてくれるのが、どんなタイミングでも可能な「セーブ」システム。戦闘マップでのセーブはもちろん、敵のフェイズ中、会話イベントの途中など、どんな場面でもセーブメニューを起動し、ゲームを中断することができるのだ。