ＥＡＴＥＲ〜試験体００３〜ルートの場合

突然、冥王星軌道の外側に出現した謎の天体。
「ナンバーテン」と名づけられたそれを防衛前線基地とするべく、
地球防衛宇宙軍の新鋭宇宙戦艦が、秘密裏に月の裏側から発進した。
しかし、ミッションの途中で通信が途絶。彼らは行方不明になってしまう。

それから３年後。
「ナンバーテン」が忽然と姿を消した。
その頃、「ナンバーテン」が生命体である可能性を示唆して、
旧ＴＤＦを追われた日向博士の研究室に、
野島崎で採取された新種の細胞「ヴォル」が持ち込まれる。
人類の進化を促すものとして開始された「ヴォル」の研究だったが、
これも後年に悲劇的な末路を迎えることになる。

それから１２年……。
地球各地で怪事件が頻発する。
城南大学の院生である本郷猛は、ショッカーと名乗る謎の秘密結社に拉致され、
改造人間にされてしまった。
そして、脳改造の直前、偶然にもアジトを地震と轟音が襲う……！
鎖を引きちぎり、辛くも脱出した本郷が見たものは、
自らの肉体を変貌させ、ショッカー戦闘員と戦う異形の戦士と少女だった。